Tiefbrunnen und Quellen 

JenaWasser betreibt 43 Tiefbrunnen und vier Quellen zur Gewinnung von Rohwasser, das anschließend als Trinkwasser aufbereitet wird. Bis auf eine Ausnahme liegen diese Anlagen alle außerhalb des Stadtgebietes – vorrangig südlich und südöstlich von Jena. Das ist hydrogeologisch begründet, da man bei Erkundungsbohrungen in der Zeit der Planung des Wasserwerkes Burgau und weiteren Erschließungen dort ausreichend Wasservorkommen in guter Qualität feststellte. 

Bis auf die Einzelstandorte Porstendorf, Steudnitz, Jenalöbnitz, (Greuda und Lotschen), wo örtliche Vorkommen direkt zur Versorgung der Gemeinde / des Ortsteiles genutzt werden, dienen die Gewinnungsanlagen der Einspeisung in die Jenaer Wasserwerke Burgau und Drackendorf. 

Trinkwasserschutzgebiete

Die durch JenaWasser betriebenen Brunnen sind größtenteils 100m bis 150m tief und erschließen damit vor allem tiefer gelegene grundwasserführende Schichten. Auf dem Weg dorthin durchfließt das Wasser unterschiedliche Erd- und Gesteinsschichten. Verunreinigungen bleiben hängen, es finden chemische und mikrobiologische Prozesse statt. Auch Mineralien werden aus dem Untergrund aufgenommen. Deshalb kann Grundwasser aus kalkführenden Schichten ziemlich „hart“ sein. Die Wasserhärte ist ein Maß für den Gehalt an Calcium- und Magnesiumverbindungen im Wasser. Der Weg des Grundwassers durch den Untergrund bringt dafür eine hohe Reinheit mit sich, wodurch die Aufbereitung in den Wasserwerken relativ einfach und „naturnah“ gehalten werden kann.  

Zum Schutz der Brunnen ist für jede Grundwassergewinnungsanlage ein sogenanntes Trinkwasserschutzgebiet festgelegt, das in mehrere Bereiche (Zone 1 bis 3) unterteilt ist. Dabei sollen strenge Auflagen die Gebiete schützen. Gefahren drohen zum Beispiel durch Öl und giftige Stoffe, die über Gewässer ins Grundwasser gelangen oder direkt ins Erdreich sickern. Das kann zum Beispiel durch ungesicherte Müllablagerungen oder bei Unfällen mit Tanklastern passieren. 

Jährliche Bodenuntersuchungen

Auch durch intensive Tierhaltung, zu viel Düngemittel und Verwendung von Pestiziden (Pflanzenschutzmittel), die vor Schädlingen oder Unkraut schützen sollen, kann die Qualität des Grundwassers beeinträchtigt werden. Bisher weist das geförderte Grundwasser im Durchschnitt niedrige Nitratgehalte auf, eine Beeinflussung durch die Landwirtschaft ist aber in vielen Fällen bereits deutlich erkennbar. Da der Boden zum einen ein gewisses Nitratrückhaltevermögen aufweist, zum anderen das Wasser viele Jahre unterwegs ist, bevor es wieder an die Oberfläche gefördert wird. Die heutige gute Grundwasserqualität ist daher kein Indiz für die zukünftige Entwicklung.